钓鱼岛问题马英九不断重申以“东海和平倡议”处理的决心。不过，在郝柏村担任台当局行政机构负责人时，曾策划“汉疆”作战计划，并筹组“汉疆突击队”，预备登陆钓鱼岛列屿。马英九在接受香港《亚洲周刊》专访时透露，该计划最后是被李登辉喊停的。