“全能神”等级分明，组织严密，名义上的最高权威“女基督”的主要工作只是负责说话，而“大祭司”赵维山才是真正的掌权者。他所负责的工作包括行政管理、安排各地的行政教务、差派工作，分配钱财，制定和监督教规的执行，及确定各地分部的领袖。

　　“大祭司”以下设“各部门领导”，主要是协助赵维山处理“教务”工作，并为他出谋划策。

　　然后依次为“省级分部领导”、“区级领导”、“县级领导”、“城乡领导”。他们每10到20人分为一个“小组”，设组长一名；40人为一个“小排”，设排长一名。各排各组均有一名“上级”(从外地调来的“讲道高手”)。自上而下，每层安排一名女性给该层的“男负责人享用”，“全能神”称之为“过灵床”。