教育部学位与研究生教育发展中心(简称：学位中心)按照教育部和国务院学位委员会颁布的《学位授予和人才培养学科目录》，对具有研究生培养和学位授予资格的一级学科进行整体水平评估(简称：学科评估)，并根据评估结果进行聚类排位。此项工作于2002年首次在全国开展，至今已完成三轮评估。
第一轮评估于2002-2004年分3次进行(每次评估部分学科)，共有229个单位的1366个学科申请参评。第二轮评估于2006-2008年分2次进行，共有331个单位的2369个学科申请参评。第三轮评估在95个一级学科中 进行(不含军事学门类)，共有391个单位的4235个学科申请参评，比第二轮增长79%。
第三轮学科评估历时一年，按照自愿申请参评的原则，采用客观评价与主观评价相结合的方式，所需数据由相关政府部门、社会组织公布的公共数据和参评单位报送的材料构成。通过对相关数据的公示、核查，同时还邀请了学科专家、政府部门及企业界人士进行主观评价，在此基础上形成最终评价结果。
本文为第三轮评估结果：
北京大学
全国排名第1的学科(16个)：
哲学
政治学
中国语言文学
外国语言文学
考古学
中国史
世界史
数学
物理学
化学
地球物理学
力学
基础医学
药学
护理学
艺术学理论
清华大学
全国排名第1的学科(13个)：
力学
材料科学与工程
动力工程及工程热物理
电气工程
控制科学与工程
计算机科学与技术
建筑学
核科学与技术
环境科学与工程
城乡规划学
软件工程
管理科学与工程
设计学
清华大学-北京协和医学院(清华大学医学部)
全国排名第1的学科(1个)：
生物学
说明：结果显示“生物学”排名第一的学校名称为“清华大学-北京协和医学院(清华大学医学部)”，与“清华大学”的学校代码均为“10003”。
